Il est le héros de toute l'histoire et possède de nombreuses qualités. C'est un garçon charmant, bon élève et excellent athlète qui suscite la jalousie maladive de Katsuhito. Au début, il a une certaine faiblesse de caractère pourtant. Il ne s'implique pas à fond pour dénoncer les irrégularités dont il a été témoin et se fait un prier pour venir dénoncer le président des élèves. Sa timidité le desservira à El Hazard où il subit les évènements dans les premiers jours de son arrivée. Il a été facilement contraint de prendre la place de Fatora et n'arrive pas à convaincre les prêtresses de l'importance de sa mission avant qu'elles ne partent pour leur pèlerinage. Il doit d'avoir la vie sauve grâce aux interventions de Fujisawa et d'Hura.

A El Hazard, Makoto connaît un véritable succès auprès des filles. Arielle se trémousse contre lui lorsqu'il est travesti en Fatora tandis que Nanami et Shela Shela se l'arrachent.

Le garçon modèle abandonne enfin son rôle de pantin lorsque Ifurita revient à la vie. En la touchant, il découvre son pouvoir : son esprit peut pénétrer au sein des machines ancestrales d'El Hazard, les remettre en marche et influer sur leur fonctionnement. En l'absence de l'Oeil de dieu, il est le seul à faire douter Ifurita de sa puissance.