Absente neuf mois pour cause de maladie, elle entame une nouvelle année scolaire en terminale, sans connaître personne. Elle manque cruellement de confiance en elle mais elle a la chance de rencontrer Tomoya Okazaki, qui décide de tuer son temps libre en la suivant. Il prend l'habitude de la bousculer un peu dans ses retranchements pour qu'elle réagisse et s'affermisse.

Nagisa désire rejoindre le club de théâtre mais elle apprend que celui-ci a disparu car il n'y a plus aucun participants. Elle finit par projeter d'en lancer un nouveau mais elle doit d'abord réunir des volontaires pour obtenir le nombre minimum requis de membres. La tâche est ardue car elle doit suivre les directives du bureau des élèves qui lui mettent les bâtons dans les roues et qui suivent des règles administratives trop strictes. C'est d'autant plus difficile qu'elle n'a pas le profil d'une battante et qu'elle se laisse facilement persuader de laisser passer les autres devant.

La jeune fille est très généreuse et n'hésite pas à inviter ses amis : Plusieurs d'entre eux font un passage chez elle, non seulement pour manger mais aussi pour dormir. Ses parents sont adorables et tiennent une boulangerie. Ils n'hésitent pas à s'investir dans les occupations de leur fille pour lui donner un coup de main. Derrière cette image d'Epinal modèle, Nagisa a cependant l'impression de conserver un vague souvenir, où elle aurait causé du tort à ses parents dans son enfance. Ceux-ci éludent cependant toujours la question.