.hack//roots se passe dans la nouvelle version vidéo de "the world", un jeu où les gens échappent à la vraie vie. Actuellement les PK, qui sont des tueurs de joueurs, se sont multipliés et prennent plaisir à s'attaquer à tous les débutants. C'est dans cette univers que débute Haseo, un joueur qui a choisi l'option multi-armes, qui fera la rencontre d'Ovan, le Chef de la Guilde du Crépuscule considéré comme un illuminé pour sa recherche de la clé du crépuscule. Ovan, va sauver Haseo, qui dès le début du jeu se fera tuer par les pk. Par la suite, Haseo apparement pas si ordinaire que ça, devra choisir entre la Guilde du Crépuscule et celle des Tan. Les choix qu'il devra faire s'avéreront essentiels et sa quête se révélera de plus en plus étrange. Quel talent a Haséo? Quels sont réellement les rôles de ces deux Guildes?

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