Shindo Hikaru est étudiant. Un jour, en se promenant dans le grenier de son grand père, il trouva une vieille table abandonnée de Go. En la nettoyant, il fait la rencontre d'un fantome, Fujiwara no Sai, alias Sai. Ce membre appartenait à la cour d'un ancien peuple et était l'un des anciens professeurs de Go d'un grand empereur. Par la suite, il fut banni de la cour et se suicida. Mais comme toutes les âmes non répenties, Sai ne peut quitter le monde matériel, c'est comme cela, qu'il fait la connaissance de Shindoh hikaru, et va commencer à l'initier au Go.

Décidant d'aller dans un salon de Go pour découvrir les prouesses de Sai au Go, Hikaru sera tout d'abord confronté à un jeune garçon de son âge, Akira Touya, un prodige qui a été élevé dans cette environnement depuis toujours par son pére Meijin Touya, meilleur joueur professionnel de Go au Japon. C'est là que commence l'initiation du jeune Hikaru dans ce monde. Les grands joueurs arriveront-ils à percer son secret? Hikaru deviendra-t-il un des plus grands joueurs du monde? Sai pourra-t-il enfin quitter ce monde?