La Fédération Terrienne est en conflit avec les Colonies depuis trop longtemps. Ils décident alors d'attaquer avec leurs armes ultimes : les Gundam. Ils ont produit en série trois modèles différents qui surpassaient les capacités des autres Armures Mobiles. Afin de prouver leur supériorité, ils attaquèrent et détruisirent une colonie à l'aide du Canon Sattelite, une arme extrêment destructrice alimentée par des ondes provenant d'une base lunaire.
En représailles, les colonies s'abattirent sur Terre et provoquèrent la plus grande catastrophe que le monde ait connu... Plus d'un milliard d'êtres humains furent tués.

15 aprés cet holocauste, le monde survit comme il peut. Entre les petites nations-états qui ont remplacé la Fédération, des mercenaires-voleurs appelés Vultures fouillent les ruines de la civilisation précédente pour en exhumer des artefacts des temps anciens qu'ils revendront au plus offrant. Garrod Roan est un orphelin des décombres : n'ayant appris qu'à compter sur lui-même, il vit de petites rapines, magouilles diverses et autres arnaques Un jour, un personnage mystérieux l'embauche pour qu'il retrouve une jeune fille de son âge, une certaine Tiffa Adil prisonniére du vaisseau vulture Frieden que commande le non moins mystérieux Jamil Neate.
Mais lorsque Garrod s'enfuit avec Tiffa, il constate rapidement que celle-ci fait preuve d'une intuition étonnante : se pourrait-il que la légende des newtypes soit vraie ? Alors qu'ils sont poursuivis, les deux jeunes gens échouent dans une usine de mobile suits abandonnée. Là, ils découvrent une relique d'autrefois : le tristement célébre Gundam X, celui-là même qui aurait provoqué la ruine de la sphére humaine. Garod monta à bord pour protéger Tiffa. Et il l'activa. C’est le début d’une course poursuite, entre ces deux enfants, les vultures, ou encore tous ceux qui s’interessent au pouvoir et au gundam