Les amies atypiques de Tenchi vivent toujours chez les Masaki. Ryôkô, la pirate démon y cohabite avec ses ennemies d'antant, Aeka, princesse de Jurai et Kiyonne de la police galactique. Sasami, la soeur d'Aeka, et Mihoshi, la collègue de Kiyonne, sont également restées sur la Terre, parce qu'elles s'y plaisent tout simplement et elles n'ont pas présenté de fausses raisons morales ou pseudo-professionnelles comme les autres, qui se sont en fait attachées à leur ami. Suite aux aventures précédentes, chaque membre de cette petite communeauté possède un éclat du cristal de Jurai, un cristal devenu le sujet d'étude Washuu, qui est la plus grande scientifique de l'univers, et qui profite aussi de l'hospitalité de Katsuhito, le grand-père de Tenchi.

Pour poursuivre ses études, Tenchi a choisi de quitter la maison pour s'installer à Okayama, dans la banlieue ouest de Tokyo. Sa décision provoque quelques cris et quelques pleurs parmi ses invitées mais il réussit à déménagé sans avoir à héberger toute la bande avec lui. Tout le monde est resté chez les Masaki et seul Katsuhito aide Tenchi à emménager à Tokyo. Là-bas, ils sont surpris par un monstre qui les attaque mais juste au même instant, Ryôkô et les autres surgissent à l'improviste et mattent le monstre.

Enfin seul dans son studio, notre héros peut se consacrer à ses études, sans être gêné par les querelles habituelles entre ses amies. Au lycée, il fait la connaissance de Sakuya Kumashiro, une jeune fille charmante mais réservée. Ils deviennent pourtant assez vite plus intimes. Certes, cela est dû en partie aux évènements, parce qu'ils ont été attaqués ensemble par de nouveaux ennemis. Sakuya se permet ensuite de rendre visite à Tenchi, alors qu'il est chez son grand-père avec Aeka, Ryôkô, Sasami et les autres. L'arrivée d'une nouvelle soupirante n'enchante ni Ryôkô ni Aeka qui l'accueillent froidement, d'autant plus que le jour où elle se présente, les éclats de cristal sont volés. Ryôkô accuse même Sakuya du vol et s'apprête à la frapper, lorsque Tenchi intervient enfin pour la protéger. Heureusement le véritable voleur est attrappé mais l'attitude très protectrice de Tenchi envers Sakuya a troublé tout le monde. Nous pressentons que c'est sa "préférée".

Les attaques des monstres et le vol ont été orchestrés par Yuugi, une petite fille du même gabarit que Sasami, mais qui vit apparement dans une autre dimension, et qui a surtout d'immenses pouvoirs. Elle est capable d'espionner tout le monde à distance, et même d'apparaître où elle veut. Elle surgit une fois dans un faux magasin pour amorcer une discussion avec Sasami. Très bizarrement, son comportement est très différent lorsque elle est avec Sasami: Elle parait faible et un peu triste, tandis que dans son univers, elle se montre arrogante et puissante. Yuugi s'intéresse également à Sakuya dont elle suit les déplacements et remarque les états d'âme. Ses motivations pour abattre Tenchi, voire détruire la Terre sont obscures mais tenaces. A chaque attaque, il faut au moins l'intervention de Ryôkô et Aeka pour repousser le danger, mais au bout de quelques épisodes, Yuugi change de tactique pour les neutraliser. Washuu et Katsuhito sentent que la situation risque de devenir catastrophique.

Après le désastre de Pretty Samy qui est parvenu à être pire que Sailormoon, une nouvelle série sur Tenchi Muyo ne pouvait faire que meilleure impression. C'est le cas de Shin Tenchi Muyo. La qualité technique est du même niveau que la première série TV, c'est-à-dire qu'elle est plutôt bonne. Bien sûr, si nous faisions une comparaison avec des scènes de la série TV de Lodoss War, nous dirions que l'animation est excellente, mais comme pour Lodoss, il existe une différence marquée dans le character design, par rapport aux OAVs, qui restent la référence. Entre autres, Ryôkô est presque devenue une elfe avec ses oreilles décollées et Kiyonne est encore plus modifiée.

Quant à l'histoire, nous pouvons formuler quelques critiques contradictoires. Elle est complexe, comme elle fait intervenir beaucoup plus de personnages issus des OAVs, et que diverses aventures se déroulent en parallèle, dans plusieurs dimensions. Il faut mieux ne pas manquer les étapes charnières, sinon cela devient un peu touffu. Nous avons droit également à plusieurs flashbacks, qui ne semblent pas se recouper avec les autres débuts, celui de la première série et celui des OAVs, qui sont déjà deux versions différentes. D'un autre côté, l'histoire devient un peu simplette, lorsque nous apprenons les motivations de Yuugi pour détruire la Terre et les membres de Jurai. Les raisons paraissent bien légères par rapport à tous les évènements qui se sont déroulés pendant vingt six épisodes. D'ailleurs, parmi ces épisodes, l'intérêt du récit reste très inégal. Dans Evangelion, nous avons l'impression que le scénario intéressant ne commence qu'après une dizaine d'épisodes. Dans Shin Tenchi Muyo, l'histoire avance par à-coups. Nous voyons beaucoup plus de choses dans l'épisode où Sakuya va chez les Masaki, que dans les trois suivants. Il est dommage de laisser penser que douze épidodes auraient suffi pour décrire l'histoire.

Heureusement, le schéma du scénario n'est pas répétitif, et Yuugi n'organise pas l'envoi d'un monstre sur la Terre, à chaque épisode. Les disputes entre Ryôkô et Aeka qui tournent en pitrerie, commencent à nous fatiguer, mais les gags provoqués par Miyoshi ou Washuu sont toujours aussi désopilants, et la trame de l'histoire, malgré les temps morts, est variée et suffisament bien menée, pour que nous ayons une évolution naturelle jusqu'à la conclusion.

Pour varier, un personnage secondaire comme Sasami a été mis plus en avant, alors qu'Aeka est beaucoup plus en retrait, même carrément dénigrée. La curiosité de ce volet de Tenchi Muyo réside sans doute dans le personnage Sakuya. De nombreuses questions se posent sur son identité, sa personnalité et ses rapports avec Yuugi. Voir Tenchi s'attacher à elle à ce point, est étonnant dans ce genre d'anime où il se déroule une centaine d'épisodes, avant qu'un pas concrêt ne se fasse pour abréger les triangles amoureux. Lors du dénouement, le mystère autour de Sakuya se dissipe mais les réponses entraînent de nouvelles questions. L'effet final est réussi.