Miaka Yuuki est une collégienne de quinze ans qui se rend avec sa meilleure amie, Yui Hongo, à la Bibliothèque Nationale. Elle y découvrent un vieux livre chinois L'univers des quatre dieux et en entament la lecture. À leur grande surprise, elles sont hapées par le livre et se retrouve dans le monde de l'histoire. Arrivées en pleine contrée sauvage, à l'époque du Moyen Age chinois elles sont attaquées par des bandits et sont sauvées par Tamahome, un garçon effronté. Juste après le combat, Yui se retrouve à nouveau dans la biblithèque, à la bonne époque mais Miaka reste prisonnière de l'autre monde. En poursuivant la lecture du livre, Yui s'aperçoit qu'elle est en train de voir ce qui arrive à Miaka au même instant.

Dans le livre, Miaka est dans la peau de Suzaku no Miko, une fille effectivement venue d'un autre monde et qui s'emparera du pouvoir sacré de Suzaku, et sera capable d'exaucer tous les voeux. Mais pour parvenir à ce pouvoir, elle doit d'abord réunir autour d'elle, les sept Seishi, des guerriers très spéciaux.

Au départ, Miaka s'occupe surtout de survivre et de s'accommoder à son nouvel envirronnement. Elle prendra connaissance de son destin un peu plus tard, lors du troisème épisode et rencontrera les Seichi au fil des rencontres.

Au début, l'intrigue est axé sur la quête de Miaka partie à la recherche des Seichi. Elle doit affronter un clan ennemi, similaire aux Seichi mais qui cherche sa perte. Fushigi Yuugi n'est pas seulement série d'action mais attache aussi beaucoup d'importance à l'aspect soap opera, toujours présent dans les shoujo manga. Le triangle amoureux mis en place autour de Miaka, convoitée par Tamahome et Hotohori, le deuxième Seichi, est doublé par un second triangle au bout d'une vingtaine d'épisodes.

En effet, Yui se retrouve plongée à son tour dans l'ancien monde et est recueillie par les adversaires de Miaka. Amoureuse de Tamahome, elle devient une ennemie farouche de Miaka par jalousie. Nous trouvons le même dilemne que celui dans X de Clamp entre Kamui et Fuma. Miaka doit affronter sa meilleure amie tout en repoussant le combat final le plus tard possible. Cette situation et les triangles amoureux ne sont pas très originaux mais permettent de pimenter une série trop linéaire et terne sur le plan du scénario malgré quelques traits d'humour.

Bien que ce ne soit qu'une série TV, les dessins des personnages sont finement détaillés, la bande originale à la hauteur et le soin apporté à l'animation, à la colorisation ainsi qu'aux décors, range Fushigi Yuugi parmi les bonnes réalisations techniques comme Fushigi no Umi no Nadia ou la fin de Maison Ikkoku.