L'histoire de Simoun débute sur la planète Daikuriku. Néanmoins, sur cette planète, les gens ont la particularité de tous naître avec un sexe féminin.
Plusieurs pays coexistent sur cette planète, à ce jour trois sont connus : Simulacrum, Argentum et plumbum, mais les rapports sont tendus pour des raisons religieuses et technologiques.

Au début de l'histoire, le Simulacrum est une nation enviée car elle possède des machines volantes "magiques" appelées "Simoun" capables de voler au delà des nuages. Les Simouns peuvent user d'un pouvoir destructeur grâce au "Ri Maajon" dessinés dans le ciel par les prêtresses du Simulacrum pour prier les Divinités du Simulacrum) : les "Sybillas " (jeunes filles qui n'ont pas encore choisi leur sexe).

Cependant, quand la nation industrielle d'Argentum s'est décidée d'envahir le Simulacrum pour connaître le secret des simouns, une guerre alors éclata, et les les Sybillas à l'aide de leur Simouns doivent maitenant combattre l'ennemi. Pour cela, une dérogation leur ai faite, en leur permettant de repousser la date du choix de leur sexe (normalement à 17 ans )tant qu'elles peuvent "voler ".