Le SDF-1, la forteresse spatiale Macross navigue en solitaire dans le système solaire. Cet immense vaisseau abrite une véritable ville en son sein. Soixante mille civils vivent dans ce microcosme qui reproduit les conditions de vie terrestre au mieux. Les boutiques, les restaurants et les squares abondent. Il existe même une grande salle de spectacle à ciel ouvert. Au début du film, c'est d'ailleurs là que Lynn Minmay se produit en spectacle. Cette chanteuse est devenue l'idole de tous dans le vaisseau.

Son concert est hélas interrumpu par une alerte car le SDF-1 est victime d'une attaque des Zentrasiens. En effet, ce peuple de géants est entré en guerre avec la Terre. Nés pour combattre, ils n'éprouvent aucuns sentiments et leur technologie dépasse celle des terriens. Le SDF-1 réussit cependant à faire jeu égal avec leurs croiseurs pendant le combat.

De nombreuses esquadrilles de chasseurs modernes, les Valkyries, assurent une protection suppplémentaire au SDF-1 en contrecarrant les assauts des pilotes ennemis. Hikaru Hichie Joe évolue parmi les pilotes chevronneés de Valkyrie. Il joue aux têtes brûlés et lors de l'attaque, il désobéit aux ordres de Misa, une jeune femme officier sur la passerelle du SDF-1. Comme des soldats zentrasiens ont pénétré dans les zones civiles du vaisseau; il part à leur poursuite.

Le système de sécurité isolant hermétiquement les quartiers les uns des autres, Lynn Minmay se retrouve bloquée dans celui où surgissent les Zentrasiens. Les combats provoquent des dégâts considérables et elle ne doit d'avoir sa vie sauve qu'à l'intervention d'Hikaru, dont elle tombe amoureuse.

La bataille s'achève sans vainqueur ni vaincu. Dans le camp zentrasien le commandant s'intéresse aux images prises par ses soldats dans le SDF-1. Il est intrigué par la culture terrienne. Cette culture, qu'il appelle culture micronienne, a bouleversé certains de ses hommes. Il en refère au chef suprême et reçoit l'ordre d'étudier le comportement des microniens. Pour cela, il décide de capturer quelques spécimen.

Par un malheureux concours de circonstances, Hikaru, Lynn et Minmay font partie des premiers terriens à être capturés pour cette étude. Grâce au sacrifice d'un des leurs, Hikaru et Misa parviennent à s'échapper mais Minmay reste prisionnière dans le vaisseau zentrasien qui disparait dans l'hyperespace. Hikaru n'a alors qu'une seule pensée : retrouver Minmay...

Certes le film date de 1984, a un peu vieilli et des passages peuvent paraitre mièvres pour certains. Tout cela n'empêche pas de mettre Macross parmi les grands anime de science fiction. Comme Gundam, Macross a innové, avec son concept des Valkyries, des avions transformables en robots. C'est aussi l'un des premiers animes à gros budget dont les musiques et les chansons ont été particulièrement soignées.